Cartografo olandese, figlio del cartografo Willem Blaeu.
Nel 1620 divenne dottore in legge, ma si unì al padre nel suo lavoro. Nel 1635 pubblicarono il Atlas Novus (titolo completo: Theatrum orbis terrarum, sive, Atlas novus) in 2 volumi. 
Joan e suo fratello Cornelius rilevarono lo studio dopo la morte del padre, avvenuta nel 1638. A quel punto Joan divenne il cartografo ufficiale della Compagnia Olandese delle Indie Orientali.
Attorno al 1649 Joan Blaeu pubblicò una collezione di mappe di città olandesi chiamandola Tooneel der Steeden (Teatro delle Città). Nel 1651 venne eletto nel consiglio cittadino di Amsterdam. Nel 1654 Joan pubblicò il primo atlante della Scozia, devised da Timothy Pont. Nel 1662 ripubblicò un atlante in 11 volumi e 1 per gli oceani. Fu conosciuto anche come Atlas Maior.
Fu progettata anche una cosmologia come progetto successivo, ma un incendio bruciò completamente lo studio nel 1672. Joan Blaeu morì l'anno seguente.

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